Der Friedhof an der Battonnstraße wurde bereits im Mittelalter angelegt. Es ist der älteste jüdische Friedhof in Frankfurt und nach Worms der zweitälteste in Deutschland. Der früheste Grabstein ist auf das Jahr 1272 datiert. Bis zum 16. Jahrhundert diente der Friedhof auch den jüdischen Gemeinden aus der Umgebung – von Wetzlar bis Aschaffenburg – als Begräbnisplatz. Als der Friedhof im 13. Jahrhundert angelegt wurde, lag er noch außerhalb der Stadtmauern. Bei der Stadterweiterung 1333 wurde er dann in das Frankfurter Stadtgebiet mit einbezogen. Im Jahr 1462 zwang der Rat der Stadt die Frankfurter Juden, ihr Siedlungsgebiet am Dom zu verlassen. Als Standort für das neu zu errichtende Getto „Judengasse“ wurde mit dem Wollgraben vor der alten staufischen Stadtmauer bewusst ein Areal in der Nähe des Friedhofs gewählt.
Bis 1828 wurde der Friedhof an der Battonnstraße als Begräbnisplatz der Frankfurter Gemeinde benutzt. Auf dem Areal befanden sich bis zu Beginn des 19. Jahrhunderts etwa 6.500 Grabsteine, die überwiegend aus lokalem roten Sandstein gefertigt wurden. Während die älteren Grabsteine klein und schmucklos sind, weisen die späteren Steine die Hauszeichen auf, die zugleich häufig den Familiennamen entsprachen. Zudem sieht man auf den Gräbern neben den bereits damals üblichen Symbolen wie den segnenden Priesterhänden und der Levitenkanne auch Symbole wie Reuse, Mond, Krug oder Schilder.
Zu den bekanntesten Persönlichkeiten, die auf dem Friedhof Battonnstraße beerdigt wurden, gehört Mayer Amschel Rothschild, der Begründer der heute noch existierenden Bankdynastie. Sein Grab stammt aus dem Jahr 1812.
Der größte Teil des Friedhofs wurde 1943/44 während der Bombenangriffe auf Frankfurt zerstört. Allein das östliche Feld blieb weitgehend erhalten und bietet heute ein beeindruckendes Bild eines mittelalterlichen jüdischen Friedhofs. Etwa 175 wertvolle Grabsteine, die vor den Bombenangriffen des Zweiten Weltkriegs gerettet werden konnten, wurden nach der Instandsetzung des Friedhofs in den fünfziger Jahren entlang der Innenseite der Friedhofsmauer aufgestellt. Grabsteine von bedeutenden Persönlichkeiten der Frankfurter Jüdischen Gemeinde finden sich auf dem Ehrenfeld im Südwest-Teil des Areals. Dort wurden auch die Rabbiner Josua Falk, Nathan Adler, Meir Schiff Katz und Pinchas ben Zwi Horowitz bestattet.
Heute grenzt der Friedhof an den Börneplatz, wo sich das Museum Judengasse und die Gedenkstätte an die in der Pogromnacht vom 9. November 1938 zerstörte Börneplatz-Synagoge befinden. Die Friedhofsmauer selbst wurde 1996 zu einer Gedenkstätte umgestaltet. Sie erinnert an die 12.000 aus Frankfurt deportierten und ermordeten Juden, darunter auch Anne Frank.
